Susunan organisasi merujuk pada Peraturan Menteri Perhubungan Nomor 97 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Penerbangan Makassar.
Pimpinan
Direktur
Sukarwoto, S.Si.T., S.T., M.M.
Wakil Direktur IBidang Akademik
Wakil Direktur IIBidang Keuangan dan Umum
Wakil Direktur IIIBidang Ketarunaan dan Alumni
Unsur kebijakanSenat
PengawasSatuan Pemeriksaan Intern
MutuSatuan Penjaminan Mutu
AdministrasiBagian Administrasi Akademik dan Ketarunaan
AdministrasiBagian Keuangan, Umum, dan Kerja Sama
Pelaksana akademikProgram Studi
PusatPenelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat
PusatPembangunan Karakter
PenunjangUnit Penunjang